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2’-F-RNA修饰

(2'-Fluoro-Bases)



产量

单价(元/base

出货时间

2 OD

100/base

3-4工作日交货

5 OD

150/base

10 OD

200/base



2’-F-bases可归类为2’-F RNA 单体。高负电性原子代替核糖的2'-OH基团导致2’-F-核糖核苷有一个C3’-endo(也就是RNA型)结构的环。因此,含有2’-F RNA 单体的RNA寡核苷酸在热动力学上采用更稳定的A型螺旋结构与目标序列杂交(1)。


2’-F-RNA修饰已被证明在以下基于oligo的应用中是特别有用的:


(a)反义寡核苷酸与抗核酸酶:当2'-FRNA被嵌入到反义DNA oligo(导致2'-FRNA/DNA嵌合体),相对于没有修饰的反义DNA oligo,这种嵌合体每增加一个2'-F RNA残基,它的Tm值增加1.8°C(1)。这种2'-F-RNA/DNA反义oligo的嵌合体与它的RNA目标序列形成的DNA/RNA双链是RNaseH的底物。关于核酸酶抗性,当2'-F RNA嵌入到DNA,它确实具有一定的核酸酶抗性,由于2'-F RNA的磷酸二酯键的硫代修饰也具有很强的核酸酶抗性,也被推荐。如果将2'-F RNA嵌入到oligo5’或3’的前三个位置的一个或者多个位置,这种效果尤为重要。


(b)适配体(Aptamers): 与相应的未经修饰的aptamers相比,2’-F-嘧啶(C,U)掺入到RNAaptamers可以显著增加对核酸酶的抗性,以及对它们的配体具有相同或更高的结合亲和力(2,3)。作为一种优化策略,将2'-F RNA核苷酸嵌入到RNA aptamers正成为一种越来越普遍的做法。


(c)siRNA和Nuclease抗性:与2'-OH siRNA相比,用2'-F嘧啶合成的siRNA被证明能极大地增加其在血浆中的稳定性(4,5)。在一项研究中,使用PGL3荧光素酶转染BALB/c小鼠,2'-FsiRNA 与 2'-OH siRNA的抑制水平在细胞培养与体内是相似的。在另一项研究中,与相应未做修饰的siRNA相比,完全用2'-FRNA 与 2'-O-Methyl RNA核苷酸取代的siRNA,不仅增强在血浆中的稳定性,而且500倍增加下调基因表达的能力(5)。


(d)LNA替代物:2'-F-RNA残基使其热稳定性与核酸酶抗性增加,其特性使之在涉及到LNA修饰的寡核苷酸的任何应用中作为低成本的替代品受到关注。





参考文献:
1. Kawasaki, A.M., et al., Uniformly modified2'-deoxy-2'-fluoro phosphorothioate oligonucleotides as nuclease resistantantisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets, Journalof Medicinal Chemistry (1993), 36: 831-841.


2. Khati, M.; Schuman, M.; Ibrahim, J.;Sattentau, Q.; Gordon, S.; James, W. Neutralization of infectivity of diverseR5 clinical isolates of human immunodeficiency virus type 1 by gp120-binding2'F-RNA aptamers. J Virol, (2003). 77: 2692-8.


3. Goringer, H.U.; Adler, Annette; Forster,Nicole; Homann, Matthias. Post-SELEX Chemical Optimization of aTrypanosome-Specific RNA Aptamer. Combinatorial Chemistry & HighThroughput Screening (2008), 11: 16-23.


4. Layzer, J.M.; McCaffrey, A.P.; Tanner, A.K.;Huang, Z.; Kay, M.A.; Sullenger, B.A. In vivo activity of nuclease-resistantsiRNAs. RNA (2004), 10, 766-71.


5. Allerson, C.R.; et al. Fully 2'-modifiedoligonucleotide duplexes with improved in vitro potency and stability comparedto unmodified small interfering RNA. Journal of Medicinal Chemistry (2005), 48:901-904.