Lexogen公司SENSE Whole Transcriptome Library Prep Kits — mRNA和总RNA测序一体化文库构建方案

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SENSE Whole Transcriptome Library Prep Kits

SENSE mRNA和总RNA测序建库试剂盒是一体化(all-in-one)的文库构建方案，可在5 小时内构建用于测序的文库。
SENSE实验方案保持了链特异性 (>99.9 %)，可以将测定的序列定位(mapping of reads)到基因组中相应的链上，并实现反义转录子和重叠基因的发现与量化。

优势：
§	通过避免反转录产物的形成，达到最高的链特异性(>99.9 %)
§	简单、快速的实验方案 — 总共5小时，其中手工操作时间为2.5小时
§	低原料投入 — 低至0.5 ng经过筛选的poly(A) RNA或去除了rRNA的RNA (包括用于SENSE Total的FFPE样本)
§	可调控的文库大小：≤PE50 到 ≥PE250
§	不受平台限制，适用于Illumina, Ion Torrent和SOLiD
§	可用于自动化的方案 (autoSENSE) — 包括磁珠纯化

工作流程：

文库的构建是基于Lexogen公司的专利技术 — 链置换终止/连接技术。含有测序平台兼容接头序列的启动子/终止子（starter/stopper）异质二聚体随机与RNA杂交，在单管反转录与连接反应中，启动子延伸到下一个杂交的异质二聚体上，新合成的cDNA插入片段在这里被连接到终止子上。
由于插入片段的大小是由启动子与终止子（starter/stopper）的结合位点之间的距离决定，因此RNA不需要进行片段化。文库将会在第二链合成之后开始扩增，并且可以引入多达96个接头（barcodes）。

图 1 | 用于Illumina 测序的SENSE Total RNA-Seq (左图) 和SENSE mRNA-Seq (右图) 文库构建流程图

性能：

SENSE Total RNA-Seq表现了良好的样品间的可重复性，无论样品的投入量是否一样。图2A是投入量相同时的结果 (R² 0.995)，图2B是投入量不同时的结果 (R² 0.95)。

图2 | 通用人类参照RNA样本(UHRR)用RiboCop rRNA 清除试剂盒去除rRNA，随后的文库构建使用SENSE Total RNA-Seq建库试剂盒。A)重复性：使用RiboCop rRNA 清除试剂盒去除掉rRNA的UHRR样本，每个样本加100 ng; B) 投入量关联性: 使用RiboCop rRNA 清除试剂盒去除掉rRNA的UHRR样本(RNA投入量分别为10 ng与1 μg的对照)

样品A（UHRR与ERCC Ex-Fold Spike-In Mix 1的混合物）的SENSE mRNA-Seq V2测序结果和基于FDA测序质控(SEQC)标准的常规RNA-Seq结果比较表明，前者3'端和5'端转录物的覆盖度是更均衡积累的。文库构建采用了3组技术性重复，并用Illumina平台测序。

图 3 | 基因主体覆盖度(Gene body coverage)。标准mRNA-Seq存在 3' 端偏向性，5'端覆盖度较低。SENSE mRNA-Seq的覆盖度在整个转录物上分布更均匀。

SENSE测序统计结果与标准mRNA-Seq数据结果存在可比性，但SENSE拥有异常高的链特异性 (>99.9%)，见表1。

表 1 | MAQC样本A的SENSE mRNA-Seq V2和常规RNA-Seq的测序结果比较

表2 | SENSE选择指南

1. SENSE Total-Seq与RiboCop rRNA Depletion Kit绑定出售, poly(A) 筛选包括在SENSE mRNA-Seq中
2. 仅适用于去除掉rRNA的RNA
3. 24种内嵌式barcodes (Ion Torrent); 96种外源barcodes (SOLiD)单独出售; 包含了适用于Illumina的96种外源barcodes。

订购信息：

货号	产品名称	规格	价格（元）
	Whole Transcriptome Library Prep Kits
	mRNA-Seq Library Prep Kits
	illumina™ Compatible
001.08	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit V2, including Barcode Set 1, 8 preps	8	4350
001.24	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit V2, including Barcode Set 1-3, 24 preps	24	11250
001.96	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit V2, including Barcode Set 1-12, 96 preps	96	34125
	ion torrent™ compatible (Thermo Fisher / Life Technologies)
006.08	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit, 8 preps	8	4350
006.24	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit, 24 preps	24	11250
007.08A/B	SENSE mRNA-Seq Barcode Kit, 12 barcodes/set, Set A or B, 8 rxn/barcode	8	2100
007.24A/B	SENSE mRNA-Seq Barcode Kit, 12 barcodes/set, Set A or B, 24 rxn/barcode	24	5670
	SOLiD™ compatible (Thermo Fisher / Life Technologies)
004.08	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit, 8 preps	8	4350
004.24	SENSE mRNA-Seq Library Prep Kit, 24 preps	24	11250
005.08A-H	SENSE Barcode Kit, 12 barcodes/set, Set A-H, 8 rxn/barcode	8	1440
005.24A-H	SENSE Barcode Kit, 12 barcodes/set, Set A-H, 24 rxn/barcode	24	3885
	Total RNA-Seq Library Prep Kits
	illumina™ Compatible (with Ribosomal RNA Depletion Kit)
042.08	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit with RiboCop, including Barcode Set 1	8	8325
042.24	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit with RiboCop, including Barcode Set 1-3	24	20925
042.96	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit with RiboCop, including Barcode Set 1-12	96	63360
	illumina™ Compatible (without Ribosomal RNA Depletion Kit)
009.08	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit, including Barcode Set 1, 8 preps	8	3697.5
009.24	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit, including Barcode Set 1-3, 24 preps	24	9562.5
009.96	SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit, including Barcode Set 1-12, 96 preps	96	29007

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